Здравствуйте. Ну почему же по отдельности? Молитесь вместе. Подготовка ко святому таинству Причастия подразумевает под собой не просто «вычитывание молитв», но именно подготовку ко встрече с Господом через принятие Его Святых Таин. Необходимо говение, примирение со всеми близкими и дальними, покаяние и много всего прочего, что в целом и называется подготовкой ко Причастию. Если вы будете молиться вместе с супругом, читайте молитвы по очереди, это будет очень хорошо. Желаю вам всего доброго!